Née à Lisbonne, le 23 juillet 1944, Maria João Pires se produit pour la première fois en public en 1948. 

Elle étudie avec Campos Coelho et Francine Benoît, puis avec Rosl Schmid et Karl Engel, en Allemagne. 

Elle enregistre pendant quinze ans pour le label Erato, puis pour Deutsche Grammophon, à nouveau pendant une quinzaine d’années. 

Au cours des années 70, Maria João Pires se lance dans une réflexion autour de l’influence de l’art sur la vie, la collectivité et l’école et tente d’ouvrir de nouvelles voies de mise en œuvre à cette pédagogie dans la société. Elle cherche ainsi de nouvelles formes de transmission respectueuses du développement de l’individu, à l’opposé de la logique destructrice et matérialiste de la globalisation. 

Elle crée, en 1999, un centre d’étude des arts à Belgais (Portugal). 

De Belgais, elle élargira par la suite son œuvre de diffusion de la philosophie et de la pédagogie vers Salamanque (Espagne) et Bahia (Brésil). 

En 2005, elle crée Impressões d’Arte, compagnie expérimentale de théâtre, danse et musique.

Depuis Septembre 2012, elle est Maître en Résidence à la Chapelle Musicale Reine Elisabeth (Waterloo, Belgique) où elle enseigne le piano à de jeunes musiciens de très haut niveau.